Czojbalsan jako zagorzały nacjonalista liczył na zjednoczenie wszystkich Mongołów. Realizując tę politykę zachęcał do etnicznej rebelii we Wschodnim Sinciangu, a w klęsce Japonii widział szansę na realizację jego marzenia o „Wielkiej Mongolii” (zjednoczenia Mongolii Zewnętrznej i Wewnętrznej). 10 sierpnia 1945 roku Mongolia wypowiedziała wojnę Japonii i przyłączyła się do radzieckiego ataku na wojska japońskie w północnych Chinach (operacja kwantuńska). W trakcie kampanii rząd rozpętał za pośrednictwem prasy falę panmongolskiego nacjonalizmu. Koniec wojny i ostateczna klęska Japonii nie doprowadziły jednak do zjednoczenia mongolskich ziem ze względu na zbyt silną pozycję Chin. Chiny poszły jednak na pewne ustępstwa i jeszcze w 1945 roku uznały suwerenność Mongolskiej Republiki Ludowej. Nie była to jednak trwała polityka, ponieważ już kilka lat później Czang Kaj-szek wycofał się z tej decyzji. Podobną politykę przyjął po utworzeniu Chińskiej Republiki Ludowej w 1949 roku Mao Zedong. Mao uznał Mongolię Zewnętrzną za część Chin. W 1951 wynegocjowano chińsko-radzieckie porozumienie, w którym rząd chiński ostatecznie uznawał niepodległość Mongolii. Rozpoczęło to proces uznawania państwowości mongolskiej na arenie międzynarodowej, zwieńczony przyjęciem do ONZ w 1961.