Po jej zajęciu przez Niemców w kwietniu 1941 r., podjął współpracę z okupantami, nawiązując kontakty z Głównym Urzędem Bezpieczeństwa Rzeszy. Od marca 1942 r. organizował w Belgradzie ochotniczy batalion złożony z rosyjskich białych emigrantów i jeńców wojennych z Armii Czerwonej, zostając jego dowódcą w stopniu SS-Hauptsturmführera. W 1943 r. zdał dowództwo i wyjechał do Niemiec, gdzie w Sonnenbergu zajął się formowaniem kolejnych kolaboracyjnych oddziałów rosyjskich specjalnego przeznaczenia. Przyjął niemieckie obywatelstwo. W latach 1944–1945 otrzymał awanse do stopni kolejno majora, podpułkownika i pułkownika. Pod koniec 1944 r. ponownie objął dowództwo swojego batalionu, rozbudowując go w lutym 1945 r. do wielkości pułku pod nazwą Freiwillige SS-Sonder-Regiment „Varjag”. Podporządkował go formalnie Komitetowi Wyzwolenia Narodów Rosji. Pułk operował wówczas na obszarze Słowenii, walcząc przeciwko komunistycznym partyzantom. Pułkownik M. A. Siemionow został odznaczony Żelaznym Krzyżem I i II klasy. Po kapitulacji Niemiec 8/9 maja, poddał swoją jednostkę w rejonie Klagenfurtu Brytyjczykom.