Dr. med. Heinz Baumkötter (ur. 7 lutego 1912 w Steinfurcie, zm. 22 kwietnia 2001) – niemiecki zbrodniarz nazistowski, lekarz SS w obozach koncentracyjnych Mauthausen, Natzweiler-Struthof i Sachsenhausen oraz SS-Hauptsturmführer. Numer legitymacji SS: 278430.
W latach 1940–1941 pełnił służbę w 2 Dywizji Pancernej SS Das Reich. Służbę w hitlerowskich obozach Baumkötter rozpoczął w 1941 w Mauthausen. W 1942 był lekarzem w obozie Natzweiler-Struthof. Wreszcie w latach 1942–1945 pełnił funkcję naczelnego lekarza obozu w Sachsenhausen. Bezpośrednio odpowiedzialny za zbrodnie popełnione na więźniach tych obozów. W Sachsenhausen, jak sam Baumkötter przyznał podczas swoich powojennych procesów, do jego obowiązków należało asystowanie i czuwanie nad należytym przebiegiem wszelkich egzekucji (rozstrzeliwania, wieszanie i trucie gazem) i wykonywaniem kary chłosty. Dodatkowo znęcał się nad więźniami nakazując im po każdorazowym chłostaniu dokonywać przysiadów i skoków. Przeprowadzał także selekcje niezdolnych do pracy więźniów przeznaczając ich na śmierć. Baumkötter wykonywał również w Sachsenhausen pseudoeksperymenty medyczne.