Zbuntowani mieszczanie wypędzili Krzyżaków ze wszystkich miast Pomorza. Potem jednak wojska króla Kazimierza przegrały kilka bitew z wynajętymi przez zakon wojskami zaciężnymi. Okazało się, że takie wojska są znacznie skuteczniejsze od rycerstwa, które w czasach pokoju bardzo rzadko ćwiczyło się w walce.
Długa wojna była bardzo kosztowna, a Krzyżakom kończyły się środki na jej prowadzenie. Nieopłacani żołnierze coraz chętniej przechodzili na stronę polską. W ten sposób w ręce Polaków dostała się między innymi krzyżacka stolica – Malbork.
Polska wraca nad Bałtyk Po trzynastu latach walki, w 1466 roku, w Toruniu, Krzyżacy zawarli z państwem polskim traktat pokojowy – II pokój toruński. Do Polski po przeszło stu pięćdziesięciu latach powróciło Pomorze Gdańskie. Przyłączono także należącą do biskupów Warmię. Ziemie te nazywano odtąd Prusami Królewskimi, gdyż władał nimi bezpośrednio król. Pozostała część państwa krzyżackiego – Prusy Zakonne – stała się lennem Polski.
Po wojnie trzynastoletniej władca krzyżacki przeniósł stolicę swego państwa z Malborka do Królewca.
Lista wojen
wojna polsko-krzyżacka (1327–1332) wielka wojna z zakonem krzyżackim (1409–1411) wojna głodowa (1414) wyprawa odwrotowa (1419) wojna golubska (1422) wojna polsko-krzyżacka (1431–1435) wojna trzynastoletnia (1454–1466) wojna popia (1478–1479) wojna pruska (1519–1521)