Etymologia nazwy Pochodzenie nazwy Niger nie zostało ostatecznie wyjaśnione. Często przyjmuje się, że pochodzi ona od łacińskiego słowa niger („czarny”), ale nie ma na to dowodów. Ponadto portugalscy odkrywcy nadaliby rzece raczej nazwę we własnym języku – negro, tak jak wszędzie indziej na świecie (zob. np. Rio Negro). Dodatkowo Niger nie jest rzeką o czarnych wodach. Niektórzy wskazują na fakt, że nazwa Nigru może się odnosić do koloru skóry ludów mieszkających nad jego brzegami, ale żadna inna rzeka w Afryce nie otrzymała takiej nazwy. Nazwa ta pochodzi więc najprawdopodobniej z któregoś z miejscowych języków, jednak wśród 30 języków używanych nad brzegami rzeki nie znaleziono przekonującego źródłosłowu. Jedna z zaproponowanych hipotez głosi, że nazwa pochodzi od tuareskiej frazy gher n gheren – „rzeka rzek” (co skracane jest do ngher), spotykanej w środkowym biegu Nigru w okolicach Timbuktu.
Ludy żyjące nad Nigrem używają wielu różnych nazw, jak np. Jeliba w języku bambara, Isa Ber („duża rzeka”) w językach songhaj czy Kworra w niektórych miejscowych językach Nigerii.