W 539 wylądował wraz z armią pobliżu Maratonu, niedaleko swoich ziem, gdzie znajdowało się wielu z jego stronników. Na działanie wybrał najlepszy dla siebie moment. Uwagę Sparty, która była największym przeciwnikiem tyranów wśród greckich poleis, pochłaniało sprzymierzone z nim Argos, a konflikt Lidii z Persją potęgował napięcie w Helladzie. Wojska Pizystrata pobiły siły ateńskie w bitwie pod Pallene, następnie Pizystrat zajął Akropol, rozbroił lud i wziął na zakładników synów z rodzin arystokratycznych. Członków roku Akmeonidów zmusił do pójścia na wygnanie, ten sam los spotkał prawdopodobnie również członków stronnictwa Likurga. Dzięki najemnikom, przekupstwom i sojuszom z niektórym rodami zdołał ugruntować swoje panowanie. Jako pierwszy tyran przejął władze nie dzięki wykorzystaniu kryzysu w państwie, lecz dzięki obcym wojskom i najemnikom.