Większość batalionu przeszło koło stacji kolejowej Bydgoszcz-Wschód, a następnie ul. Sporną i Toruńską. Przy ul. Toruńskiej batalion ostrzelali dywersanci. Następnie batalion skierował się do Czerska Polskiego. 5 września batalion został rozmieszczony na odcinku północnym w drugim rzucie obrony za 59 pułkiem piechoty we wschodniej części miejscowości Wypaleniska. Rano 6 września niemiecki 121 pp z 50 DP uderzył na stanowiska batalionu I/59 pp, około godz. 16 przełamał jego obronę i zajął wieś Otorowo. Przeprowadzony kontratak batalionu ON „Bydgoszcz“ i poprowadzony przez płk. Bolesława Mirgałowskiego ze wsparciem dywizjonu II/15 pułku artylerii lekkiej, doprowadził do odrzucenia pododdziałów niemieckich na pozycje wyjściowe i odzyskanie terenu. Ze względu na rozkaz o wycofaniu Armii „Pomorze” w kierunku Sochaczew, Warszawa, 59 pp oderwał się od nieprzyjaciela, a Bydgoski batalion ON stanowił jego straż tylną. Batalion wyruszył po godz. 22.00 po trasie Kabat, Osiek Wielki. W rejonie wsi Kabat znalazł się pod ostrzałem niemieckiej artylerii i poniósł straty osobowe. 7 września w południe batalion dotarł do wsi Zajezierze, gdzie odpoczywał. Nocą 7/8 września w szykach 15 DP batalion podjął marsz obsadzając do rana linię: Kanał Parchański-Bachorze-jezioro Gopło.