Od 12 września batalion wyszedł ze składu 26 DP i wszedł w skład Zgrupowania Obrony Narodowej płk. Stanisława Siudy, które weszło w skład Armii „Pomorze”. Bezpośrednio batalion podlegał dowódcy improwizowanego pułku ON mjr. Marianowi Kwiatkowskiemu. Od 12 września pułk mjr. Kwiatkowskiego stanowił odwód płk. Siudy i przeszło w rejon Kłodawy, w pobliżu miejsca postoju dowództwa zgrupowania ON. Zadaniem pułku była stała gotowość do wykonania przeciwuderzenia z rejonu Izbicy w kierunku północno-wschodnim. Zadaniem całego zgrupowania była osłona głównych sił obu armii prowadzących natarcie w kierunku południowym. Nocą 12/13 września zgrupowanie ON zostało przegrupowane na nowe rubieże obrony. Nastąpiła również zmiana dyslokacji batalionu ON „Wągrowiec”, został on przydzielony do 2 pułku ON ppłk. dypl. Franciszka Junkera. W składzie 2 pułku ON miał bronić przedmościa Dąbie i zamknąć drogi w kierunku Kłodawy i Krośniewic na linii rzek Rgilówka i Ner. To drugie zadanie współrealizował batalion ON „Wągrowiec”.