Przy zbiorze i pracach pielęgnacyjnych używa się rękawiczek, gdyż roślina może spowodować poparzenia i przebarwienia skóry, zwłaszcza podczas letniej, słonecznej pogody. Inne zastosowania Roślina ozdobna. Uprawiana czasami na rabatach, nadaje się też na niskie żywopłoty; jej szarozielone liście dobrze komponują się z kwiatami. W kuchni jej świeże, młode liście używane są do konserwowania dziczyzny, aromatyzowania sałatek, surówek, mięs, duszonych potraw, kapusty, grzybów i do gotowania ryb, zaś suszone ziele wykorzystywane jest do nacierania mięs, przyprawiania bigosu, gulaszu. Ruta jest jednak bardzo gorzka. Gorycz ta zmniejsza się pod wpływem kwasów, z tego też względu ruta bardziej nadaje się do warzyw kiszonych lub marynowanych octem. Olejku z ruty używa się do aromatyzowania niektórych koniaków, likierów i wina wermut. Ruta używana jest do aromatyzowania niektórych herbat i napojów owocowych. Z ziela otrzymywano dawniej żółty barwnik. Ma silne działanie poronne, pisał o tym już Pliniusz Starszy. Do tej pory stosowana jest jako środek poronny w niektórych częściach świata. Jest jednak niebezpieczna – notowano przypadki śmiertelnych krwotoków z macicy po jej stosowaniu w celu poronnym. Zapach ruty odstrasza koty.