Członkowie klubu Paulistano, którzy przekonali się do zawodowstwa, wspólnie z kierownikami AA Palmeiras dogadali się w sprawie fuzji tworząc trzeci potężny klub w mieście – São Paulo Futebol Clube.
Nowoczesna era APEA zakończyła swą działalność w 1938 roku, natomiast federacja Bandeirante Football League po licznych zmianach nazw przekształciła się ostatecznie 22 kwietnia 1941 roku w Federação Paulista de Futebol (czyli FPF). W następnym roku klub São Paulo podpisał kontrakt z Leonidasem da Silva i wygrał 5 z ośmiu mistrzostw stanu. W roku 1943 klub Palestra Itália z powodu II wojny światowej i zakazu odnoszenia się nazw klubów do państw osi zmienił swą nazwę na Palmeiras. Szybki rozwój futbolu w stanie São Paulo wymusił utworzenie w 1948 roku drugiej ligi stanowej. Pierwszym klubem, który awansował z drugiej do pierwszej ligi był XV de Novembro z miasta Piracicaba.