W końcu lat 50. pojawił się w futbolu nowy wielki klub, Comunicaciones, który trzy razy z rzędu został mistrzem Gwatemali. Był to bardzo mizerny okres dla klubu Municipal, który aż 8 lat musiał obejść się bez tytułu. W latach sześćdziesiątych Municipal zdobył mistrzostwo w sezonach 1963/64, 1965,66 i 1969/70. W przerwach po tytuł sięgał wtedy inny klub ze stolicy – Aurora, stając się obok klubu Comunicaciones głównym rywalem klubu Municipal. Dawna potęga, klub Tipografía Nacional znikała wówczas ze sceny, na której wielkie boje toczyły ze sobą Municipal i Comunicaciones, który w latach 1956–1972 zdobył 7 spośród 14 możliwych tytułów mistrza Gwatemali. Odtąd mecze z udziałem tych klubów są największym ligowym wydarzeniem kraju.
Lata siedemdziesiąte Począwszy od roku 1973 Municipal, prowadzony przez urugwajskiego szkoleniowca Rubéna Amorína, sięgnął po największe sukcesy w swoich dziejach.