Lata osiemdziesiąte Po wygraniu ligi w 1976 roku oraz Copa Fraternidad w 1977 roku, nastąpił najgorszy okres w historii klubu. W roku 1981 doszło do tego że Municipal grał w turnieju barażowym o utrzymanie się w lidze. Ostatecznie klub utrzymał się w pierwszej lidze, ale do drugiej ligi spadł jego dawny wielki rywal – klub Tipografía Nacional. W roku 1982 tylko lepsza różnica bramek uchroniła klub przed spadkiem.
Powrót na szczyt Z sezonu na sezon klub spisywał się coraz lepiej, aż w roku 1987 po 11 latach posuchy klub znów został mistrzem Gwatemali. Ojcem sukcesu był argentyński trener (niegdyś znakomity piłkarz) Miguel Ángel Brindisi. W tym czasie Municipal triumfował w lidze trzy razy z rzędu (dwa razy pod wodzą Brindisiego, a trzeci raz – Waltera Ormeño). Na następny sezon trzeba było poczekać do sezonu 1991/92, kiedy to zespół sięgnął po najwyższe krajowe trofeum pod wodzą nowego trenera Rubéna Amorína.
W sezonie 1993/94 Municipal zdobył swój piąty mistrzowski tytuł w ostatnich siedmiu latach. Tym razem drużynę prowadził argentyński trener Horacio Cordero. W roku 1995 klub był blisko kolejnego zwycięstwa w Pucharze Mistrzów CONCACAF, przegrał jednak w finale z kostarykańską Saprissą San José.