Opozycyjni politycy krytykowali go za niezapłacenie podatków od przyjmowanych podarunków; Państwowy Urząd Skarbowy Republiki Łotewskiej nakazał mu zapłacenie 250 łatów zaległych podatków.

31 maja 2007 Valdis Zatlers został wybrany przez Sejm na nowego prezydenta Łotwy. Za jego kandydaturą głosowało 58 deputowanych, poparcie deklarowali posłowie Partii Ludowej, LPP/LC, ZZS i TB/LNNK. 40 głosujących było przeciwnych (z Centrum Zgody i Nowej Ery). 8 lipca 2007 został oficjalnie zaprzysiężony na urząd prezydenta jako trzeci prezydent odrodzonej Republiki Łotewskiej po 1993. W trakcie jego kadencji przeprowadzono wybory parlamentarne i samorządowe, dwukrotnie zmieniali się premierzy (w 2007 i 2009).

16 marca 2011 ogłosił gotowość ubiegania się o reelekcję. Według sondażu opublikowanego w tym samym miesiącu z pracy prezydenta zadowolonych było 47% obywateli, niezadowolonych – 41%. 28 maja 2011 podjął decyzję o rozpisaniu referendum w przedmiocie skrócenia kadencji Sejmu. Stał się pierwszym prezydentem korzystającym z tego konstytucyjnego uprawnienia. W wyborach z 2 czerwca 2011 nie uzyskał reelekcji. W I turze głosowania poparło go 43 posłów (przeciwko było 55), w II turze uzyskał 41 głosów za i 56 przeciw.