Biologia i ekologia Bylina, hemikryptofit. Kwitnie od czerwca do października. Rośnie w miejscach wilgotnych – na łąkach, bagnach, przy rowach i na brzegach wód stojących lub wolno płynących. Preferuje glebę nieco wapienną. W klasyfikacji zbiorowisk roślinnych gatunek charakterystyczny dla All. Cnidion dubii. Cechy fitochemiczne Konitrut błotny jest rośliną trującą. W dawkach trujących konitrut wywołuje, poza silną biegunką, wysypki i wykwity skórne. Zawiera glikozyd gracjolinę działającą hemolitycznie, tj. rozpuszczającą czerwone krwinki, co wywołuje ostre zapalenie śluzówki żołądka i jelit u koni. Zwierzęta na pastwisku zwykle omijają konitrut z powodu jego gorzkiego smaku. Zatrucia u zwierząt występują tylko wtedy, gdy roślina ta występuje w sianie. Najbardziej wrażliwe na zatrucie konitrutem są konie, stąd jego polska nazwa.
Zagrożenia i ochrona W latach 2004–2014 roślina znajdowała się w Polsce pod ochroną ścisłą. Od 2014 roku objęta jest ochroną częściową.