Pewne rozpoznanie stawiane jest na podstawie wyniku badania parazytologicznego płynu torbieli, badania histopatologicznego torbieli albo tkanek. Jednoznacznym potwierdzeniem inwazji tasiemcem jest stwierdzenie haczyków, protoskoleksów lub fragmentów pęcherza pasożyta. Materiał do badania parazytologicznego może pochodzić z biopsji lub może być uzyskany śródoperacyjnie.
Podstawą laboratoryjnego rozpoznania echinokokozy są badania serologiczne, jednak stosowane rutynowo testy są mało swoiste. Bardziej swoiste testy znajdują zastosowanie jako testy potwierdzenia; wykorzystuje się np. immunoelektroforezę w żelu agarozowym albo Western blot ze swoistą frakcją antygenową 8 kDa. Pewną wartość ma także natychmiastowy test nadwrażliwości skórnej (z płynem bąblowcowym) według Casoniego. Najnowsze techniki wykorzystują metodę PCR i polimorfizm długości fragmentów restrykcyjnych; pozwalają na zróżnicowanie E. granulosus i E. multilocularis.
thumb|center|500px|Badanie PCR-RFLP na obecność DNA E. multilocularis (1-8) i E. granulosus (9-12). M – kontrolna drabinka 100 pz;