Objawy i przebieg thumb|Protoskoleksy bąblowca w płynie z torbieli thumb|Torbiele bąblowca usunięte chirurgicznie z płuca pacjenta chorego na echinokokozę. Głównym objawem choroby jest torbiel, jednokomorowa w przypadku E. granulosus i wielokomorowa w przypadku E. multilocularis, najczęściej umiejscowiona w wątrobie (60%), zwłaszcza w prawym płacie (3/4 przypadków); rzadziej w płucach, śledzionie, kościach lub mózgu. Torbiel może osiągać 20 cm (przyrasta około 1 cm na rok), zawiera płyn i otoczona jest dwiema błonami, wewnętrzną rozrodczą i zewnętrzną oskórkową. Odczyn zapalny z czasem powoduje wytworzenie torebki włóknistej (pericysty) wokół torbieli. Torbiel wywołuje objawy uciskowe: może spowodować cholestazę, zastoinowe zapalenie wątroby albo nadciśnienie wrotne. Pęknięcie torbieli i uwolnienie płynu bąblowca do jamy otrzewnej może spowodować rozsiew pasożyta i wstrząs anafilaktyczny. Bąblowica płuc przez ucisk tkanki płucnej powoduje niedodmę, bąblowica kości z czasem prowadzi do zaniku kości z ucisku i złamania. Zajęcie mózgu przebiega z objawami guza mózgu.