W połowie roku 1999 ukazał się oficjalnie Zend Engine, nowy silnik języka skryptowego, wokół którego niedługo później zaczęto budować PHP 4. Jego nazwa to kompromisowe połączenie imion twórców projektu. Nowa, oparta na nim wersja PHP, ukazała się w maju 2000 roku. Tak jak poprzednio, był to potężny krok naprzód. Programiści mieli do dyspozycji teraz wiele nowych narzędzi, konstrukcji językowych oraz bezpieczniejszy system wejścia/wyjścia. Od strony administracyjnej pojawiło się oficjalne wsparcie dla wielu nowych serwerów. Przez cztery lata od chwili wydania ukazały się trzy kolejne edycje tej wersji oznaczone numerami: 4.1, 4.2 oraz 4.3. W 2004 roku obsługiwały one łącznie 20% wszystkich domen sieciowych.
PHP 5 W 2002 roku Zeev Suraski oraz Andi Gutmans ponownie rozpoczęli znaczącą modernizację silnika PHP mającą na celu dodanie do tego języka modelu obiektowego z prawdziwego zdarzenia. W lutym 2003 ukazała się pierwsza wersja alpha nowej wersji PHP oznaczonej numerem 5.0.0. Stabilna wersja ukazała się prawie półtora roku później, w lipcu 2004 roku. Nowości sprawiły, że PHP może konkurować teraz z innymi rozwiązaniami , jak równy z równym. Pojawił się całkowicie nowy model programowania obiektowego, przez co została utracona kompatybilność z poprzednimi wersjami PHP.