Kolejna wersja – 5.2, pojawiła się 2 listopada 2006 roku i skoncentrowana była na rozbudowie mechanizmów wejścia/wyjścia (obsługa formatów ZIP i JSON, filtry wejścia, obserwacja postępów przesyłania plików) i zarządzaniu pamięciąPHP 5.2.0 Release Announcement – ogłoszenie o wydaniu wersji 5.2.0.. Ostatnim z tej gałęzi miało być wydanie 5.2.16PHP 5.2.16 Release Announcement – ogłoszenie o wydaniu wersji 5.2.16., mające zakończyć okres oficjalnego wsparcia dla PHP 5.2. wydano jednak wersję 5.2.17, która naprawia błąd mogący powodować zawieszenie serweraPHP 5.2.17 Release Announcement – ogłoszenie o wydaniu wersji 5.2.17..
30 czerwca 2009 wydano PHP 5.3PHP 5.3.0 Release Announcement – ogłoszenie o wydaniu wersji 5.3.0.. Główne zmiany obejmują wprowadzenie w języku obsługi przestrzeni nazw. Pojawiły się również wyrażenia lambda i tzw. domknięcia (znane z takich języków jak JavaScript, Ruby czy Lisp). Oprócz tego dopracowano również obsługę metod statycznych i poprawiono działanie PHP pod systemem Windows, wprowadzając kompilację VC9 oraz eksperymentalne wersje binarne pod x64. Ponadto wprowadzono mysqlnd – opcjonalny, natywny zamiennik PHP dla libmysql oraz poprawiono wiele błędów.