W 1991 objął funkcję prezesa Stronnictwa Narodowo-Demokratycznego, którą sprawował do 1998. W wyborach parlamentarnych w 1991 został z ramienia Narodowego Komitetu Wyborczego wybrany w województwie zamojskim na senatora II kadencji; na pierwszym posiedzeniu pełnił funkcję marszałka seniora. Zasiadał w klubie parlamentarnym Zjednoczenia Chrześcijańsko-Narodowego. Pracował w Komisji Gospodarki Narodowej oraz Komisji Kultury, Środków Przekazu i Edukacji. W 1992 jego nazwisko pojawiło się na tzw. liście Macierewicza. W wyborach parlamentarnych w 1993 bez powodzenia ubiegał się o reelekcję z ramienia Bezpartyjnego Bloku Wspierania Reform.
W 1991 ukazał się przeprowadzony przez Roberta Jarockiego wywiad rzeka z Janem Zamoyskim pt. Ostatni ordynat. Z Janem Zamoyskim spotkania i rozmowy.
Został pochowany w krypcie rodowej w katedrze Zmartwychwstania Pańskiego i św. Tomasza Apostoła w Zamościu.
Odznaczenia, wyróżnienia i upamiętnienie W 1995, w uznaniu znamienitych zasług położonych dla Rzeczypospolitej Polskiej, został przez prezydenta RP Lecha Wałęsę odznaczony Orderem Orła Białego.
Wyróżniony tytułami honorowego obywatela: Janowa Lubelskiego (1990) oraz Zamościa (1996).
Został patronem Gimnazjum nr 2 w Zamościu.