Dzięki otrzymanym w ten sposób funduszom, w trakcie wakacji 1995 budynek socjalny przy sali gimnastycznej został przykryty blaszanym dachem, a w 1996 powstał fundament hali sportowej. Dokonano również wówczas remontu kilku sal lekcyjnych. Prace remontowe budynku szkolnego kontynuowane były w roku szkolnym 1996–1997, kiedy doszło do jego ocieplenia, a także malowania ścian w kolejnych salach lekcyjnych oraz świetlicy.
We wrześniu 2000 zarząd nad szkołą został objęty przez miasto Żywiec, co miało miejsce w wyniku przybliżającego się włączenia przysiółka do Żywca jako jego kolejnej dzielnicy, które nastąpiło w styczniu 2001. W 2001 została ponadto otwarta ukończona sala gimnastyczna.
21 lutego 2002 na mocy uchwały Rady Miejskiej w Żywcu Szkoła Podstawowa w Podlesiu została przemianowana na Szkołę Podstawową nr 9 w Żywcu. W 2002 przyjęte zostało ponadto jej logo, które powstało w wyniku przeprowadzonego wśród uczniów konkursu na jego projekt.
W budynku przy ul. Podlesie placówka działała do września 2017, kiedy to została przeniesiona do dzielnicy Zabłocie, do dawnej siedziby