Z powodu rychłego upadku rządu Ignacego Paderewskiego został przewodniczącym polskiej delegacji na rozmowy w Paryżu. Był przewodniczącym delegacji. Po podpisaniu traktatu wersalskiego powrócił z rodziną do kraju. Prowadził rozmowy z Niemcami na temat przejęcia administracji niemieckiej przez Polaków. 8 października 1919 został powołany na stanowisko podsekretarza stanu w Ministerstwie b. Dzielnicy Pruskiej w Poznaniu. W tym samym roku kierował również departamentem spraw wewnętrznych. Kierował departamentem politycznym i administracją dwóch województw. Janta-Połczyński uczestniczył w ceremonii zaślubin Polski z morzem (10.02.1920 r.) i aktywnie działał na rzecz plebiscytów na Warmii i Górnym Śląsku (z jego polecenia sporządzono spisy wyborców-Polaków). 18 lutego 1920 został mianowany na stanowisko generalnego zastępcy ministra w Poznaniu, co oznaczało powierzenie mu obowiązków reprezentowania rządu polskiego. Ze stanowiska odszedł 7 lipca 1921 r. w proteście przeciwko zbyt szybkiej integracji byłego zaboru pruskiego z Rzecząpospolitą. Następnie wrócił do Wysokiej, gdzie zarządzał majątkiem, organizując okazjonalnie wystawne przyjęcia.