W 1958 roku generał Ayub Khan zawiesił konstytucję i wprowadził stan wojenny. Mujib został aresztowany za organizowanie oporu i więziony do 1961 roku. Po wyjściu z więzienia, Mujib rozpoczął organizowanie podziemnego organu politycznego zwanego jako Swadhin Bangal Biplobi Parishad (Bengalska Rada Rewolucyjna), obejmującej przywódców studenckich. Ruch miał na celu obalenie reżimu Ayb Kana. Ruch pracował na rzecz zwiększenia władzy politycznej Bengalczyków i wypracowanie niezależności Pakistanu Wschodniego. W 1962 roku był na krótko aresztowany za organizowanie protestów.
Opozycjonista Po śmierci Suhrawardy w 1963 roku, Mujib objął przywództwo Ligi Awami, która stała się jedną z największych partii politycznych. Z nazwy partii usunięto słowo „muzułmańska” z powodu sekularyzacji partii i szerszych odwołań do społeczności niemuzułmańskich. Mujib był jednym z kluczowych liderów na wiecu opozycji przeciwko prezydentowi Ayubowi Khanowi, który zdecydował się na wprowadzenie stanu wojennego i centralizację władzyM. Rashiduzzaman, The Awami League In The Political Development of Pakistan (2006-07-07). „Awami League”. Retrieved 2006-07-07.. Wraz z innymi partiami politycznymi, Liga Awami poparła opozycyjną kandydatkę Fatimę Jinnah, która w wyborach w 1964 roku stanęła przeciwko Ayubowi Khanowi.