Działalność i likwidacja Poza Mołotowem i jego ludźmi z MSZ centralę KI prowadzili doświadczeni oficerowie służb specjalnych, jak np. Leonid Kwasnikow – wcześniejszy naczelnik wydziału naukowo-technicznego w INO NKWD, który prowadził z Nowego Jorku siatkę wywiadowczą operującą w Los Alamos. Lecz poza centralą sytuacja była całkiem inna. Aby osiągnąć pełną kontrolę nad placówkami (rezydenturami) Mołotow mianował ich szefami lub zwierzchnikami urzędujących w stolicach ambasadorów. Wpłynęło to tragicznie na pracę rezydentur z powodu braku jakiegokolwiek doświadczenia dyplomatów w pracy operacyjnej. Dochodziło nawet do takich przypadków, że rezydent umawiał się na spotkanie z bardzo cennym agentem w samej ambasadzie lub przyjeżdżał na nie służbową limuzyną. Dochodziło do tego, że doświadczeni oficerowie w rezydenturach KI ukrywali swoje kontakty przed szefemi rezydentur.
W centrali Komitetu Informacji powstały także spory między oficerami wywiadu wojskowego i cywilnego. Dotyczyły one głównie sporów o kierowanie zarządami. Prawie wszystkie zarządy KI były kierowane przez oficerów INO/INU, wywodzących się z NKWD, oficerowie sztabu generalnego i GRU utyskiwali, że wywiad wojskowy jest traktowany drugorzędnie.