Dopiero po wybuchu II wojny światowej Gibraltar zyskał znaczenie jako baza lotnictwa brytyjskiego, przede wszystkim samolotów zwalczających niemieckie okręty podwodne oraz eskortujących konwoje morskie, i w 1940 roku ukończono na lotnisku krótki pas startowy. Dopiero w grudniu 1941 roku rozpoczęto pracę nad rozbudową lotniska, po tym, jak uznano, że może ono stanowić punkt tranzytowy w transporcie wojskowym na Bliski Wschód. Zdecydowano o budowie pasa o długości 1417 m i szerokości 137 m, co wymagało nadbudowania pasa o przynajmniej 500 m w głąb Zatoki Gibraltarskiej, w kierunku na zachód. Do budowy w morzu wykorzystywano surowiec odstrzeliwany ze skały oraz uzyskiwany przy drążeniu tuneli. Zlikwidowano przy tym stary tor wyścigowy i zabudowania stoczni Blands. Pas nowego lotniska przecinał jedyną drogą łączącą półwysep z kontynentem (Drogę Hiszpańską). W styczniu 1942 roku ukończono pas długości 900 m, w kwietniu 1052 m (1155 jardów). Do listopada 1942 roku długość sięgnęła planowanych 1417 m (1550 jardów), po czym w lipcu 1943 roku jeszcze wydłużono ją do 1646 m (1800 jardów).