W zainfekowanym HPV nabłonku występuje parakeratoza, a granice międzykomórkowe są wyraźnie widoczne i pogrubiałe. Komórki nabłonka z cechami CIN często "tapetują" cewki gruczołowe, co należy w ocenie histologicznej różnicować z naciekaniem podścieliska.
CIN pojawia się najczęściej w tak zwanej strefie transformacji na przedniej wardze szyjki macicy, szerząc się następnie w dwóch kierunkach: w głąb kanału szyjki macicy i na boki, podminowując nabłonek gruczołowy szyjki.
CIN I CIN II CIN III Proliferacja niedojrzałych komórek ograniczona do dolnej 1/3 nabłonkaZachowana polarność komórek we wszystkich warstwachNieliczne mitozy u podstawy nabłonkaNiewielki polimorfizm jąder komórkowychMoże być obecna koilocytoza Proliferacja niedojrzałych komórek ograniczona do dolnych 2/3 nabłonkaKomórki warstw powierzchownych wykazują cechy dojrzewaniaobecny polimorfizm jąder komórkowych Niedojrzałe komórki na całej wysokości nabłonkaNabłonek pogrubiały, wzrost komórkowościCałkowicie zaburzona architektura nabłonkaLiczne, często patologiczne mitozyNierzadko wybitny polimorfizm jąder komórkowych