Latem 1997 Guðjónsson przeszedł do belgijskiego Racingu Genk. W Genk miał pewne miejsce w wyjściowej jedenastce, w 1998 roku zdobył Puchar Belgii, a w 1999 roku został mistrzem Belgii. W 2000 roku Thordur przeszedł do hiszpańskiego UD Las Palmas, ale grał tam tylko na jesień, a rundę wiosenną spędził w Derby County, któremu pomógł utrzymać się w Premiership. W sezonie 2001/2002 Guðjónsson grał w Preston North End, ale wystąpił w nim tylko w 7 spotkaniach First Division.
W 2002 roku Guðjónsson wrócił do Bochum. W sezonie 2002/2003 był podstawowym zawodnikiem i zajął z VfL 9. miejsce w Bundeslidze, ale w kolejnych 2 sezonach grał coraz mniej i był głównie rezerwowym. W sezonie 2003/2004 zajął z Bochum 5. miejsce, a zimą 2005 przeszedł do Stoke City F.C., w którym wystąpił tylko w 2 ligowych meczach. W 2006 roku przed rozpoczęciem sezonu w ojczyźnie Thordur został zakontraktowany przez ÍA Akranes, gdzie grał do 2008 r.