Po klęsce we Francji Gort otrzymał stanowisko inspektora szkolenia Gwardii Narodowej. Pełniąc te obowiązki wielokrotnie odwiedzał Irlandię, Orkady i Szetlandy. W latach 1941–1942 był gubernatorem Gibraltaru. Wbrew opinii rządu brytyjskiego podjął decyzję o rozbudowie lotniska w Gibraltarze. Później, gdy lotnisko okazało się niezwykle ważne, podziękowano mu za tę decyzję. W latach 1942–1944 był gubernatorem Malty. Za odwagę podczas oblężenia wyspy, mieszkańcy Malty nadali mu Honorowy Miecz. 20 czerwca 1943 otrzymał awans na marszałka polnego (Field Marshal). 29 września wraz z gen Dwightem Eisenhowerem i Haroldem Alexander odebrał w porcie Valletta kapitulację wojsk włoskich podpisaną przez Pietra Badoglio.
1 listopada 1944 objął urząd wysokiego komisarza Palestyny. W 1945 powołał na stanowisko szefa sprawiedliwości Palestyny i powierzył mu zadanie zbadania konfliktu izraelsko-arabskiego w Jerozolimie. Raport zalecił podzielenie miasta na odrębne dzielnice żydowskie i arabskie. 5 listopada 1945 Gort ustąpił ze stanowiska ze względu na zły stan zdrowia. Kilkanaście dni później zemdlał podczas spotkania z marszałkami Alanem Brooke i Bernardem Montgomery.