W roku 2004 oddano do eksploatacji oczyszczalnię, element działu edukacji ekologicznej. 20 maja 2006 roku w ogrodzie posadzono dąb papieski, upamiętniający Jana Pawła II. Systematycznie rozbudowywano wiele kolekcji terenowych, w tym m.in. zbiory warzyw, mało znanych roślin wrzosowatych, magnolii, kosaćców, ozdobnych geofitów czy Kolekcję flory Polski.
Dyrektorzy prof. dr hab. Bogusław Molski (1974–1989) prof. dr hab. Jerzy Puchalski (1989–2017) dr Paweł Kojs (2017–2021) prof. dr hab. Arkadiusz Nowak (od 2021)
Charakterystyka ekologiczna Ogród znajduje się w strefie klimatu przejściowego z wyraźnymi wpływami kontynentalnymi. Średni roczny opad wynosi 512 mm z wahaniami od 355 mm w 1976 roku do 658 mm w 1981. Absolutne temperatury powietrza: minimalna −37,0 °C (14 stycznia 1987), maksymalna 33,1 °C (1 czerwca 1979).
Gleby ogrodu są zróżnicowane, dominują lekkie gleby, typu bielicowego zwykle IV klasy. Największym walorem położenia ogrodu jest skarpa oraz występujące wąwozy.