11 grudnia 2007 Hashim Thaçi został desygnowany przez prezydenta Fatmira Sejdiu na nowego szefa rządu. Jego partia rozpoczęła rozmowy koalicyjne z Demokratyczną Ligą Kosowa, drugą co do wielkości partią w parlamencie, Monsters and Critics, 11 grudnia 2007.. 9 stycznia 2008 Thaçi został wybrany przez parlament premierem Kosowa, głosami 85 za i 22 przeciw. Przy tej okazji zadeklarował osiągnięcie niepodległości przez Kosowo w pierwszej połowie 2008„Kosovo gets pro-independence PM”, BBC News, 9 stycznia 2008.. 17 lutego 2008 parlament Kosowa jednogłośnie proklamował powstanie niepodległej Republiki Kosowa„Kosovo gears up for independence”, BBC News, 17 lutego 2008.. W dniu 9 grudnia 2014 roku stracił stanowisko premiera. Nowym szefem rządu został Isa Mustafa, przywódca Demokratycznej Ligi Kosowa„Kosovo”, Worldstatesmen.org, 15 grudnia 2014..
Według projektu raportu powstałego na zlecenie Rady Europy, stworzonego przez szwajcarskiego senatora Dicka Marty’ego i opublikowanego w grudniu 2010, Hashim Thaçi jako lider UÇK miał być zaangażowany w przemyt narkotyków i nielegalny handel organami ludzkimi przeznaczonymi na przeszczepy.