W styczniu 2007 Palencia podpisał kontrakt z Pumas UNAM, a w maju został wypożyczony do Deportivo Toluca na mecze barażowe o awans do Copa Libertadores przeciwko Cúcuta Deportivo, ale Toluca przegrała pierwszy mecz 1:5, drugi wygrała 2:0 i ostatecznie okazała się gorsza od kolumbijskiego klubu. Po powrocie do Pumas wywalczył z Pumas dwa tytuły mistrza Meksyku – w sezonach Clausura 2009 i Clausura 2011, a także wicemistrzostwo w rozgrywkach Apertura 2007. Ponadto po odejściu Sergio Bernala pełnił przez kilka miesięcy funkcję kapitana zespołu. Profesjonalną karierę piłkarską zakończył oficjalnie w wieku 38 lat.
W marcu 2013 został dyrektorem sportowym Chivas de Guadalajara.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1994/95 Cruz Azul
Primera División 1 0 1995/96 Cruz Azul
Primera División 33 8 1996/97 Cruz Azul
Primera División 32 9 1997/98 Cruz Azul
Primera División 38 10 1998/99 Cruz Azul
Primera División 36 21 1999/00 Cruz Azul
Primera División 38 22 2000/01 Cruz Azul
Primera División 28 14 2001/02 RCD Espanyol
Primera División 30 6 2002/03 Cruz Azul
Primera División 33 7 2003/04 Chivas de Guadalajara
Primera División 39 5 2004/05 Chivas de Guadalajara
Primera División 34 8 2005 Chivas USA
Major League Soccer 9 3 2006 Chivas USA
Major