W 1998 roku Palencia został powołany przez Manuela Lapuente do kadry na Mistrzostwa Świata we Francji. Zagrał tam w jednym grupowym meczu, zremisowanym 2:2 z Belgią oraz w meczu 1/8 finału, przegranym 1:2 z Niemcami. W lipcu 1999 Francisco został powołany do kadry na Copa América 1999. Z Meksykiem ostatecznie zajął trzecie miejsce w tym turnieju. Palencia wystąpił także w turnieju Copa América 2001, na którym grał w pierwszej jedenastce, a z Meksykiem dotarł do finału. W finałowym meczu z gospodarzami, Kolumbią Meksyk przegrał 0:1.
W 2002 roku Palencia pojechał na Mistrzostwa Świata w Piłce Nożnej w Korei Południowej i Japonii. Zagrał tam w dwóch meczach jako rezerwowy – z Chorwacją (1:0) oraz z Włochami (1:1). Z Meksykiem dotarł do 1/8 finału, w której jego rodacy przegrali z USA wynikiem 0:2.
W swojej karierze Palencia ma za sobą także występy w takich turniejach jak: Copa América 1997 (trzecie miejsce), Copa América 2004 (ćwierćfinał), Puchar Konfederacji 1997 (faza grupowa), Puchar Konfederacji 1999 (zwycięstwo), Złoty Puchar CONCACAF 2000 (ćwierćfinał).
Linki zewnętrzne
Statystyki na MedioTiempo