Po rozpoczęciu rozładowywania obozu w kwietniu 1940 i wobec różnych pogłosek o dalszym losie wywożonych, generał wydał instrukcję do polskich żołnierzy, aby protestowali przeciw (rzekomemu) oddawaniu ich w ręce Niemców i przeciw przymusowemu przetrzymywaniu w ZSRR.
Z kilku ocalonych dzienników jeńców Kozielska jednoznacznie wynika, że generałowie Henryk Minkiewicz, Mieczysław Smorawiński i Bronisław Bohaterewicz oraz ok. 120 oficerów wyższych, w tym także Adam Solski, zostali wywiezieni z obozu 7 kwietnia 1940 i przekazani do dyspozycji naczelnika Zarządu NKWD Obwodu Smoleńskiego. Najpewniej, egzekucja gen. Henryka Minkiewicza nastąpiła 9 kwietnia tego roku w Katyniu, jako że generał znajdował się na jednej liście wywózkowej – 015/2 z 5 kwietnia 1940 – wraz z Adamem Solskim, który prowadził pamiętnik z ostatnim wpisem tego dnia, relacjonującym przewiezienie do lasu i rewizję. Mordu tego dokonywali funkcjonariusze Obwodowego Zarządu NKWD w Smoleńsku oraz pracownicy NKWD przybyli z Moskwy na mocy decyzji Biura Politycznego KC WKP(b) z 5 marca 1940. Ofiary tej zbrodni grzebano w bezimiennych mogiłach zbiorowych, gdzie od 28 lipca 2000 mieści się oficjalnie Polski Cmentarz Wojenny w Katyniu.