Okres międzywojenny W 1919 roku armia amerykańska przeszła redukcję liczebności, a Cota powrócił do rangi kapitana ze swojego tymczasowego stopnia majora z czasów wojny. Będąc oficerem finansowym w Langley Field w Wirginii w 1922 roku, został pociągnięty do osobistej odpowiedzialności, gdy stanowisko zostało okradzione z 43 000 dolarów. Dopiero apelacja do Kongresu uwolniła go od konieczności osobistego zwrotu skradzionych funduszy.
Później służył na Hawajach (1924–1928) i ukończył U.S. Army Command and General Staff College (CGSC) w Fort Leavenworth w stanie Kansas w czerwcu 1931 roku. Jego praca dyplomowa pt. Study of the dispositions of the Turkish 19th Division on the night of April 24–25 and its operations to include the night of April 27–28 dotyczyła bitwa o Gallipoli w czasie I wojny światowej. Był instruktorem w U.S. Army Infantry School (1932–1933) i ukończył U.S. Army War College w 1936 roku. Był instruktorem w U.S. Army Command and General Staff School (1938–1940). Podczas pobytu tam został awansowany na podpułkownika 1 lipca 1940 roku.