Wkrótce potem do katedry dobudowano gotycką kruchtę (niem. Paradies). W latach 1266–1335 miała miejsce przebudowa a zarazem dalsza rozbudowa kościoła w stylu gotyckim. Podniesiono nawy boczne o ok. 20 metrów tak by były na jednej wysokości z nawą główną. W połowie XIV w. biskup Henryk II Bochholt (1317–1341) sfinansował wzniesienie gotyckiego prezbiterium we wschodniej części kościoła, zapewniając sobie tym samym uprzywilejowane miejsce pochówku. W wyniku tej rozbudowy katedry podwoiła swoją długość.
Aż do reformacji katedra podlegała biskupowi, w latach późniejszych do 1803 była własnością miasta oraz kapituły katedralnej. Po rozwiązaniu kapituły przeszła na własność miasta.
W noc poprzedzającą niedzielę palmową z 28 na 29 marca 1942 siły brytyjskie przeprowadziły atak powietrzny na lubeckie Stare Miasto. Jedna piąta centrum miasta została zniszczona, m.in. katedra. Bomby trafiły w prezbiterium, ogień strawił dach oraz organy Arpa Schnitgera, znaczna część budowli się zawaliła. Udało się jednak uratować część wystroju wnętrza katedry z krucyfiksem Bernta Notkego oraz bezcennym ołtarzem Hansa Memlinga (1491). Odbudowa katedry trwała aż do 1982. Budowa nowych organów zaplanowana jest na 2008.