W powszechnej opinii mieszkańców Olsztyna Antonowicz został skatowany przez milicjantów. Jego pogrzeb 6 listopada 1985 zgromadził kilkanaście tysięcy osób, które przemaszerowały ulicami miasta. W czasie uroczystości odczytano m.in. list Lecha Wałęsy, przemawiał również rektor Uniwersytetu Gdańskiego Karol Taylor, który wkrótce stracił stanowisko za domaganie się ukarania sprawców. Rzeczywistych sprawców nie ustalono, śledztwo zostało umorzone, a Antonowicz figuruje na liście domniemanych ofiar milicjantów z okresu stanu wojennego i kolejnych lat.
W grudniu 2004 imię Marcina Antonowicza nadano ulicy w olsztyńskiej dzielnicy Osiedla Generałów. W październiku 2006 odsłonięto poświęconą Antonowiczowi tablicę w kościele Najświętszego Serca Jezusowego w Olsztynie. Stowarzyszenie Represjonowanych w Stanie Wojennym Regionu Warmińsko-Mazurskiego „Pro Patria” powołało kapitułę, przyznającą stypendia noszące imię Antonowicza dla zdolnej młodzieży, pochodzącej z rodzin niezamożnych i aktywnej w życiu społecznym.