Mimo to jej początkowe kontakty z ojcem układały się bardzo poprawnie, wręcz pomyślnie, o czym świadczy pozostawiona przez nią korespondencja. Wzajemne relacje uległy potem pogorszeniu wraz z coraz częstszymi zmianami nastrojów jej ojca i jego coraz mniej kontrolowanymi wybuchami gniewu. Były one spowodowane między innymi intrygami dworskimi jej matki. Ją też Wilhelmina oskarża w swoich pamiętnikach o nieszczęśliwe dzieciństwo i młodość. Pisze o niej m.in.: „Cała pycha i wyniosłość domu hanowerskiego skupiła się w jej osobie”. Za purytańską atmosferę dworu, zagęszczającą się wraz z posuwaniem się w wieku Fryderyka Wilhelma, wini Wilhelmina pastora Augusta Franckego z Halle. Według królewskiej córki ów przedstawiciel pietyzmu budził w królu wyrzuty sumienia z powodu rzeczy najbardziej niewinnych, potępiał wszystkie przyjemności, które uważał za niecne, nawet polowanie i muzykę. To oraz jej racjonalne usposobienie było przyczyną jej krytycznego podejścia do spraw dogmatów, obrzędów i w ogólności religii. Niezwykle dobre stosunki natomiast utrzymywała Wilhelmina ze swoim młodszym bratem, Fryderykiem, z którym dzieliła pasje i zainteresowanie muzyką, filozofią, nauką. Rodzeństwo to było niezwykle zaprzyjaźnione, a wieku dojrzałym zdolne do miłości i ofiarnej pomocy.