Kolekcja zegarów w Jędrzejowie zajmuje trzecie miejsce w świecie pod względem liczebności i wartości eksponatów, po Planetarium w Chicago i Science Museum w Oksfordzie.
Inne znaczące działy muzeum to: Dział grafiki i ekslibrisów posiadający w swych zbiorach okazy począwszy od XV wieku. Dział rzemiosła artystycznego i historyczny, w tym przede wszystkim kolekcja eksponatów wyposażenia, pism i literatury związanych z Legionami Polskimi, w tym z Józefem Piłsudskim, który kwaterował w siedzibie muzeum w 1915. Liczne są też pisma królów i możnowładców polskich oraz znanych artystów, pisane m.in. do Przypkowskich. Dział gastronomii obejmujący naczynia kuchenne oraz bogato zdobione, często srebrne zastawy stołowe, porcelanę stołową, książki kucharskie i zbiory zabytkowych menu. Część tej kolekcji eksponowana jest w zabytkowych piwnicach z XVIII wieku oraz w kuchni z 1906.
Zachowane lub odtworzone zostały wnętrza pokojów z początku XX wieku, wyposażone w meble, dywany, obrazy i bibeloty z epoki, a także w zbiory ozdobnych mebli XVII i XVIII-wiecznych oraz w rokokowe obicia z kurdybanu.