W wyniku działań wojennych 21 marca 1945 roku świątynia przeżyła największy w swej historii kataklizm. Spłonął dach, barokowy prospekt organowy, dwie boczne kaplice i grupa tęczowa (krucyfiks w zwieńczeniu Wielkiego Ołtarza), zawalił się szczyt zachodni, przestały istnieć witraże, poważnemu zniszczeniu uległy także pozostałe boczne kaplice i większość wyposażenia.
Ówczesny proboszcz, ksiądz Karl Wawra zdołał jeszcze przed nadejściem frontu uratować niektóre obiekty z wnętrza kościoła – ołtarze boczne wysłano do Javornika, a naczynia liturgiczne zamurowano pod głównym ołtarzemK. Strauchmann, Tajemnice gotyckiej perły, "Nowa Trybuna Opolska", 14 sierpnia 2009..
Odbudowa zaczęła się wkrótce po przejęciu tych terenów przez państwo polskie. Inicjatorem renowacji kościoła był ks. prałat Józef Kądziołka. Przebiegała ona jednak bardzo powoli, a na dodatek Nysa była wówczas zobowiązana do dostarczania dużych ilości cegły rozbiórkowej na odbudowę WarszawyT.Foltyn: Zniszczenie zabytkowego śródmieścia Nysy, Materiały, Śląsk Opolski, 2000 nr 2(39). Prace na dobre ruszyły dopiero w roku 1957.
Odbudowa przeprowadzona została według projektu architekta Feliksa Kanclerza. Nową konstrukcję nośną dachu wykonano tym razem nie z drewna, lecz z elementów stalowych, aby zmniejszyć prawdopodobieństwo powstania w przyszłości katastrofalnego pożaru. Na kalenicy wybudowano ośmioboczną wieżyczkę na