Poważnych zniszczeń doznał kościół w 1741 roku podczas wojen śląskich. Wkrótce jednak nastąpiła jego odnowa, a w 1752 roku dobudowane zostały dwie symetryczne kaplice – Świętej Trójcy od północy i Najświętszego Sakramentu od południa.
Jeszcze większe zniszczenia świątyni dokonały się w roku 1807, podczas oblężenia i ciężkiego ostrzału artyleryjskiego miasta przez armię napoleońską. Z tego powodu przez niemal cały XIX wiek kościół znajdował się w stanie krytycznym, bardzo długo czekając na odbudowę.
Nastąpiła ona dopiero w latach 1889–1895 i połączona była z kolejną radykalną zmianą wystroju kościoła, tym razem w stylu neogotyckim. Nad nawą główną powstało nowe sklepienie krzyżowo-żebrowe (błędnie sądzono wówczas, że takie sklepienie posiadał kościół pierwotnie), które zastąpiło istniejące gwiaździsto-sieciowe. W ten sposób inicjator odbudowy Augustyn Pischel uzyskał wolne płaszczyzny do namalowania nowych fresków. Barokowe polichromie ukazujące ideę zbawienia człowieka zostały przy tym zniszczone.