Życie prywatne thumb|Portret rzeźbiarza Jana Szczepkowskiego, Olga Boznańska, ok. 1906. Szczepkowski ożenił się 18 maja 1913 z Marią z Morozowiczów. Ślub odbył się w kościele bernardynów w Krakowie, świadkami byli rzeźbiarz Xawery Dunikowski i prawnik Albin Chęciński. Jego żona była autorką głośnej sztuki teatralnej Sprawa Moniki. Miał z nią córkę Hannę (1915–2006) – żonę Adama Rymwida Mickiewicza. Bratankiem Jana Szczepkowskiego był Andrzej Szczepkowski.
Małżeństwo Szczepkowskich prowadziło w domu w Milanówku bogate życie towarzyskie. Profesor kolekcjonował broń, brał udział w polowaniach z prezydentem Ignacym Mościckim.
Ordery i odznaczenia Krzyż Oficerski Orderu Odrodzenia Polski (27 listopada 1929)M.P. z 1929 r. nr 278, poz. 644 „za zasługi na polu pracy artystycznej”. Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski (11 lipca 1955) „w 10 rocznicę Polski Ludowej za zasługi w dziedzinie kultury i sztuki”. Złoty Krzyż Zasługi (11 listopada 1937) „za zasługi na polu sztuki”. Krzyż Oficerski Orderu Legii Honorowej (Francja)