W kolejnych wyborach prezydenckich 15 czerwca 1999 Muluzi zdobył 52,4% głosów (2,4 mln), pokonując kandydata MPC, Gwandę Chakuambę, który uzyskał 45,2% głosów (2,1 mln). W czasie jego drugiej kadencji, Malawi z powodu złej polityki gospodarczej i dużej korupcji straciło wiarygodność na arenie międzynarodowej. Spowodowało to. m.in. wstrzymanie 100 mln USD pomocy budżetowej dla administracji prezydenta ze strony MFW, Banku Światowego, USA oraz UE"Muluzi faces moving on", BBC News, 13 maja 2004.. Prezydenta zaczęto również podejrzewać i oskarżać o korupcję. Dodatkowo wiosną 2002 Malawi nawiedziła największa w historii klęska głodu, gdy z powodu zimowej powodzi znacząco zmniejszyły się zbiory kukurydzy. Rząd Muluzego był oskarżany o niepodjęcie wystarczających środków zapobiegawczych, a także irracjonalną sprzedaż zapasów kukurydzy za granicę w obliczu zbliżającej się katastrofy"Malawi's 'worst-ever' famine", BBC News, 14 maja 2002."Malawi 'on the brink of starvation'", BBC News, 12 lutego 2002..