W kwietniu 2005 Muluzi publicznie przyznał, że dokonał złego wyboru sukcesora stawiając na Mutharikę i przeprosił za to naród"Malawi president 'a bad choice'", BBC News, 5 kwietnia 2005..
27 lipca 2006 Bakili Muluzi został aresztowany pod zarzutem oszustwa i korupcji, dotyczącej milionów dolarów pomocy zagranicznej, które mogły trafić na jego osobiste konto"Former president held for corruption charges", IOL, 27 lipca 2006.. Muluzi zaprzeczył oskarżeniom i określił zatrzymanie jako "polityczne prześladowanie". Tego samego dnia został zwolniony za kaucją, a szef Biura Antykorupcyjnego, który tego dokonał został przez prezydenta Mutharikę zawieszony"Malawi anti-graft chief suspended", BBC News, 28 lipca 2006..
11 marca 2007 Bakili Muluzi, w odpowiedzi na liczne apele członków swojej partii, ogłosił zamiar ubiegania się o nominację prezydencką UDF przed wyborami w 2009" Muluzi is prepared to run for office again", IOL, 12 marca 2007.. 24 kwietnia 2008 na konwencji UDF, został wybrany jego kandydatem w wyborach prezydenckich w maju 2009. Otrzymał 1950 głosów poparcia, podczas gdy jego rywal zdobył tylko 38 głosów"Tough times ahead for Muluzi", IOL, 25 kwietnia 2008.. Doszło do tego pomimo niejasności o to, czy Muluzi ma prawo ubiegania się kolejny raz o urząd szefa państwa.