Uważany jest za pioniera stratygrafii fliszu karpackiego: dzięki jego badaniom uzyskano pierwsze ścisłe informacje na temat budowy geologicznej Beskidu Śląskiego i Morawsko-Śląskiego. Był autorem pierwszej szczegółowej mapy geologicznej Księstwa Cieszyńskiego: wydanej w 1861 r. w Gocie Geologische Karte der Nordkarpathen in Schlesien. Wśród poszczególnych ogniw fliszu karpackiego wyróżnił m.in. frydeckie margle bakulitowe, łupki cieszyńskie, łupki wierzowskie, piaskowce godulskie, piaskowce grodziskie oraz piaskowce istebniańskie. Jako pierwszy wyróżnił też i opisał występujący na tym terenie minerał cieszynit.
Hohenegger spoczął w Cieszynie, na nieistniejącym już dziś cmentarzu przy kościele św. Trójcy. Na jego mogile ustawiono żeliwny nagrobek wykonany przez Josefa Gawrona z huty w Trzyńcu.
W paleontologii jego nazwisko upamiętnia szereg skamieniałości: Cnemidiastrum Hoheneggeri Zittel, Cerithium Hoheneggeri Zittel, Frenelopsis hoheneggeri Schenk, Hamites hoheneggeri Uhlig, Hoplites hoheneggeri Uhlig, Nerinea hoheneggeri Peters, Rhizocedroxylon Hoheneggeri Felix, Rissoina hoheneggeri Ascher i Rhynchnella hoheneggeri Suess.