Po wybuchu wojny był we wrześniu 1939 ewakuowany i dowodził oddziałami samoobrony powiatu Wyrzysk. Następnie dowodził samoobroną Inowrocławia i samorzutnie objął funkcję komisarycznego prezydenta Inowrocławia. Wchodził następnie w skład sztabu dowódcy Etapów Armii „Pomorze” i „Poznań” gen. Michała Karaszewicza-Tokarzewskiego. W bitwie nad Bzurą był kontuzjowany i dostał się do niewoli niemieckiej, ale zdołał zbiec z obozu w Łodzi i przedostał się do KrakowaPosługiwał się wówczas nazwiskiem Sułkowski..
W końcu września 1939 był w konspiracji, współorganizator i następnie komisarz ds. walki cywilnej (Główny Szef Walki Cywilnej) Organizacji Orła Białego (OOB). Po scaleniu OOB z ZWZ (luty–marzec 1940) wyjechał do Warszawy. Razem ze Stanisławem Kauzikiem i Tymczasowym Delegatem Rządu RP, płk. Janem Skorobohatym-Jakubowskim od wiosny do jesieni 1940 na polecenie gen. Stefana Roweckiego opracowywał koncepcję tworzenia tajnej administracji cywilnejZamierzano ją wówczas organizować przy współpracy czynnika wojskowego (ZWZ) i cywilnego (PKP, Tymczasowy Delegat Rządu RP).. Był w tym celu oddelegowany z ZWZ, a od marca 1940 pełnił funkcję Szefa Koordynacji. KG ZWZ przystąpiła w marcu 1941 do tworzenia odrębnego aparatu administracji, a Muzyczka został szefem Biur Wojskowych („Zeszyt”–„Teczka”–„Głóg”–„Róża”) w KG ZWZ–AK.