Na mocy decyzji Zgromadzenia Ogólnego ONZ 15 września 1952 roku Erytreę przekazano Etiopii jako sfederowaną z nią prowincję autonomiczną, która miała własny parlament i rząd. W 1962 roku zlikwidowano autonomię, zaś Etiopia anektowała Erytreę i przekształciła ją w prowincję. Z biegiem lat narastały tendencje separatystyczne. W latach 70. i 80. erytrejskie akcje partyzanckie przekształciły się w wojnę domową. Armia etiopska walczyła z erytrejskimi secesjonistami należącymi do muzułmańskiego Frontu Wyzwolenia Erytrei (ELF; założony w 1961 roku) oraz do Erytrejskiego Ludowego Frontu Wyzwolenia (EPLF; założony w 1970 roku). Największe walki toczyły się w okresie między detronizacją cesarza Hajle Syllasje a upadkiem marksistowskiego rządu wojskowego Mengystu Hajle Marjama (lata 1974–1991). W 1991 roku partyzanci przejęli kontrolę nad Erytreą – władzę objął tymczasowy rząd wyłoniony przez dominujące ugrupowanie – EPLF. Prezydentem został Isajas Afewerki – przywódca Erytrejskiego Ludowego Frontu Wyzwolenia. W wyniku referendum w kwietniu 1993 roku powstało niepodległe państwo. Miesiąc później Etiopia uznała nowe państwo.
Po ustanowieniu niepodległości przez Erytreę powołano przejściowy rząd na 4 lata. Prezydentem nowego państwa został Isajas Afewerki.