Oprócz dochodów z wystawy, komitet dysponował środkami z datków prywatnych (zwłaszcza Jana Grądzkiego – alternatywna pisownia Jan Grondzki lub Jan Grądzka – z Woli).
Na miejsce kościoła planowano grunty blisko Śródmieścia, jednak mieszkańcy wymusili lokalizację przy ulicy Grójeckiej. W tamtym czasie rejon ten związany był z wsią Czyste, a kościół stawiano na słabo zabudowanym terenie. Przez to stał się on centralnym obiektem dzielnicy, będącym punktem odniesienia dla nowo wytyczanych układów architektonicznych, łącznie z wytyczonym ostatecznie w 1923 r. placem Narutowicza. W 1908 roku urządzono konkurs na projekt budowli, do którego zgłoszono 33 prace. W następnym roku do realizacji wybrano projekt Oskara Sosnowskiego. Budowa rozpoczęta w 1911 roku (24 września tego roku wmurowano kamień węgielny, a bp Ruszkiewicz poświęcił fundamenty) została wstrzymana w 1914 po wymurowaniu korpusu nawowego, wieży i kaplicy NMP. Po wznowieniu prac w roku 1927 zadaszenie uzyskały nawy boczne. Początkowo budowę organizował komitet świecki, ale w 1918 roku przy kościele erygowano parafię św. Jakuba Apostoła.