Kariera reprezentacyjna W reprezentacji Austrii Pogatetz zadebiutował 18 maja 2002 w przegranym 2:6 towarzyskim meczu z Niemcami. W swojej karierze ma już za sobą występy w eliminacjach do Euro 2004, MŚ 2006, Euro 2008 oraz MŚ 2010. We wrześniu 2006 został wykluczony z reprezentacji za krytykę w stronę selekcjonera Josefa Hickersbergera oraz kapitana Andreasa Ivanschitza.
Statystyki Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1999/00 Sturm Graz Austria Bundesliga 0 0 2000/01 FC Kärnten Red Zac-Erste Liga 33 0 2001/02 Bayer 04 Leverkusen II Niemcy Regionalliga 23 0 2002/03 Bayer 04 Leverkusen Bundesliga 0 0 2002/03 FC Aarau Szwajcaria Swiss Super League 21 3 2003/04 Grazer AK Austria Bundesliga 31 1 2004/05 22 1 2005 Spartak Moskwa Rosja Premier Liga 11 0 2005/06 Middlesbrough Anglia Premier League 24 1 2006/07 35 2 2007/08 24 0 2008/09 27 1 2009/10 Middlesbrough Championship 13 0 2010/11 Hannover 96 Niemcy Bundesliga 28 0 2011/12 29 1 2012/13 VfL Wolfsburg 8 0 2012/13 West Ham United Anglia Premier League 6 0 2013/14 1. FC Nürnberg Niemcy Bundesliga 23 1 2014 Columbus Crew Stany Zjednoczone Major League Soccer 2 0 2015 19 0 2015/16 Union Berlin Niemcy 2.