W XVIII w. zaniedbana kaplica uległa zniszczeniu. Straciła wówczas większość wyposażenia oraz cztery wieżyczki narożne, które odpadły. W 1783 r. planowano jej rozebranie, doczekała jednak renowacji w 1851 r. Kolejna restauracja miała miejsce w 1903 r., kaplica pokryta została wtedy białą blachą. Prace remontowe przeprowadzano także w 1975 r. W latach 90. XX wieku przeprowadzone zostały szczegółowe badania budynku kaplicy oraz jego podłoża. W następstwie tych badań przeprowadzono prace, które istotnie poprawiły stan techniczny kaplicy. left|200px|Kaplica św. Anny w Pińczowie w 1842 roku wg rys. Kajetana W. Kielisińskiego Budowla wzniesiona jest na planie kwadratu. Jej wysokość wynosi 13 m. Przykryta jest kopułą z latarnią. Kruchta kaplicy przykryta jest podobną, choć znacznie mniejszą kopułą. W przeszłości budowla posiadała okrągłe okna, obecnie zamurowane z wyjątkiem południowego, które przekształcono. Z wyposażenia wnętrza zachowała się kamienna kropielnica z XVII w. Na ołtarzu umieszczona jest marmurowa tablica fundacyjna. Gzyms pod kopułą ozdobiony jest wiązkami owocowo-kwiatowymi. Z kruchty do kaplicy prowadzi portal ozdobiony główkami aniołków oraz rozetami.
Na wzgórzu, obok kaplicy ulokowane są kamienne figury świętych: św. Pawła, św. Tekli oraz Michała Archanioła.