Cytoplazma jest drobnopęcherzykowa lub drobnoziarnista, błona komórkowa ze względu na zagęszczenie cytoplazmy na obwodzie wydaje się pogrubiała. Komórki tworzą lite pola z cienkościennymi naczyniami. Postać eozynochłonną tworzą komórki o obfitej i intensywnie różowej cytoplazmie po wybarwieniu. Komórki są mniejsze niż w postaci typowej. Rak chromofobowy mikroskopowo i makroskopowo może przypominać onkocytomę (łagodny guz nerki, o bardzo dobrym rokowaniu, zbudowany z onkocytów).
Rak z cewek zbiorczych Stanowi około 1–2% raków nerki. Komórki nowotworowe różnicują w kierunku komórek cewek (kanalików) zbiorczych. Makroskopowo jest to szarobiały guz z nieregularnymi granicami zlokalizowany w rdzeniu nerki zniekształcający kielichy i miedniczkę nerkową, typowo bez zmian krwotocznych i martwicy. Mikroskopowo jest zbudowany ze struktur cewkowo-brodawkowatych we włóknistym podścielisku. Rokowanie jest gorsze niż w raku jasnokomórkowym.
Rak sarkomatoidalny (mięsakopodobny) Stanowi około 1% raków nerki. Jest to agresywny, niskozróżnicowany i anaplastyczny nowotwór.