Marian Żelazek.
Postanowieniem prezydenta Bolesława Bieruta z 17 kwietnia 1948 został pośmiertnie odznaczony Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski za wybitne zasługi położone w walce o Demokrację i Niepodległość.
22 lutego 2003 w Katedrze polowej Wojska Polskiego w Warszawie ks. Frelichowskiego ogłoszono patronem harcerstwa w Polsce.
Postanowieniem prezydenta Andrzeja Dudy z dnia 23 lutego 2025 został pośmiertnie odznaczony Krzyżem Wielkim Orderu Odrodzenia Polski.
Upamiętnienia Wyższe Seminarium Duchowne Diecezji Toruńskiej im. Błogosławionego Księdza Stefana Wincentego Frelichowskiego w Toruniu (od 8 września 1993) Szkoła podstawowa w Turzy Wielkiej, gmina Działdowo (od 15 kwietnia 2005) Szkoła Podstawowa nr 19 w Toruniu (od 16 grudnia 2010) Szkoła Podstawowa nr 3 w Chełmży Patron 63 Kampinoskiej Drużyny Harcerek „Droga” (od lutego 2018) Szkoła Podstawowa w Nicwałdzie (od 12 października 2018)
Relikwie i sanktuaria Relikwie pozostałe po nim przechowywane są m.in. w ścianie sanktuarium bł. Stefana Wincentego Frelichowskiego w kościele pw. Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny w Toruniu, w Wyższym Seminarium Duchownym Diecezji Toruńskiej, w kaplicy Pałacu Prezydenckiego w Warszawie.